Affiancata alla Chiesa Madre, sul suo lato sinistro, in posizione arretrata rispetto alla stessa e con accesso indipendente, era localizzata la Chiesetta dedicata a Santa Maria delle Anime del Purgatorio, così denominata per i dipinti in essa presenti, che raffiguravano le Anime Purganti. Se ne fa menzione nel 1652 in occasione della Visita del Vescovo di Bari, mons. Diego Sersale. Nella successiva Visita del 1688 da parte dell'arcivescovo Tommaso Maria Ruffo si parla di visita della cappella del Purgatorio e della chiesa, nella quale opera una congregazione composta da 40 uomini. L'Arcivescovo mons. Carlo Loffredo nel 1695 visita la chiesa del Purgatorio, che si trova nei pressi della Matrice, e afferma che nella chiesa del Purgatorio è stato fondato un sodalizio, detta volgarmente del Purgatorio, i cui confratelli hanno cura di seppellire i defunti poveri. L'arcivescovo inoltre ordina di adombrare le figure delle donne purganti presenti sulle pareti della chiesa del Purgatorio, coprendone le parti nude con lingue di fuoco, per non offendere la vista di chi li guardava. Dalla relazione della Santa Visita effettuata a Gioia nel 1670 dall'arcivescovo Giovanni Granafei apprendiamo dell'esistenza della chiesa del Purgatorio.
Nel 1768, quattro anni dopo la ricostruzione della Chiesa Madre, viene ricostruita anche la Cappella delle Anime Purganti, in cui aveva sede la Confraternita del Purgatorio che vi officiava, cappella che poi prende la denominazione di SS. Sacramento e successivamente di Maria Bambina. In una lettera inviata nel mese di febbraio del 1818 all'Intendente di Bari, il Sindaco di Gioia, Ceppaglia Lorenzo, nel richiedere la ricostituzione della Confraternita afferma: In questo Comune esisteva una congrega detta del Purgatorio che da più anni addietro fu distolta degli esercizi spirituali per la mancanza del rettore. Ora si desidererebbe questa mettersi in attività e molti confratelli si sono da me diretti per provocarne l'autorizzazione.Lo scioglimento della Confraternita e attestata da una lettera del giugno 1818 inviata dal Sindaco al Ministero degli Affari Interni in cuisi precisa: Dopo tale epoca ( 1805 ) i confratelli presero ad allontanarsi, e gradatamente la corporazione si sciolse. La Confraternita, dopo che i confratelli hanno presentato regolare istanza e ottenuto parere favorevole da parte della Curia Arcivescovile di Bari, viene autorizzata al ristabilimento dell'antica Congregazione ed ottiene il Regio Assenso del re Ferdinando I il 16 luglio 1822 sotto il titolo di Congregazione del Purgatorio ed officia nella Chiesa di San Francesco. Nel 1845 il Comune, che nel 1813 aveva avuto il possesso del Convento e della Chiesa di San Francesco, concede alla Confraternita del Purgatorio la Chiesa di San Francesco ottenendone in permuta la Cappella del Santissimo, che poi aggrega alla Chiesa Madre.
Sull'altare maggiore della Chiesa di San Francesco è posizionata una tela che raffigura la Madonna del Purgatorio. A ricordare la protettrice della Confraternita nella lunetta soprastante la porta di accesso alla sacrestia sono raffigurate le anime purganti.
Nello statuto della Confraternita sono stabilite le modalità di adesione al sodalizio, i doveri degli aderenti e le attività da svolgere. Lo statuto approvato nel 1822 prevede che la congregazione si compone di ecclesiastici e secolari, ha l'obbligo di riunirsi tutte le domeniche, nelle altre feste comandate, ogni primo lunedì del mese e nei lunedì di quaresima, per adempiere agli esercizi di religione; questi possono sintetizzarsi in attività eslusivamente di culto e di suffragio.
Un ulteriore Reale Assenso viene concesso alla Confraternita da Ferdinando II, con decreto del 25 febbraio 1857.
Con deliberazione del 17 giugno 1860 la Confraternita riceve l'amministrazione dell'Opera Pia Purgatorio, amministrata precedentemente dalla Congregazione di carità, e ne amministra i beni e le rendite patrimoniali attraverso una propria deputazione.
Con l'approvazione del Concordato nel 1929 anche questa Confraternita è passata alle dipendenze dell'autorità ecclesiastica sia per il suo funzionamento che per la sua amministrazione.
I confratelli vestono un camice bianco con un ampio cappuccio bianco, che veniva calato sul viso in occasione della processione della Settimana Santa, e un cingolo ed una mozzetta di colore nero. Lo stendardo su fondo nero presenta la Madonna in abito rosso e mantello celeste, circondata lateralmente da due angioletti che sorreggono una corona, sormontata dalla scritta: Confraternita del Purgatorio. Nella parte bassa dello stendardo alcune anime purganti, seminascoste dalle fiamme, invocano la Madonna.
Testo tratto da "Le Confratenite a Gioia" di Francesco Giannini